Στόχος του προγράμματος είναι η αύξηση της προστιθέμενης αξίας των προϊόντων, με στόχο την κάλυψη των αναγκών της χώρας σε μεταποιημένα ποιοτικά προϊόντα αλλά και την αύξηση των δυνατοτήτων διείσδυσης στις διεθνείς αγορές, μέσω της αξιοποίησης της πρώτης ύλης της πρωτογενούς παραγωγής, της ενσωμάτωσης της καινοτομίας, της ανάπτυξης μεθόδων και διαδικασιών προστασίας του περιβάλλοντος που περιορίζουν το φαινόμενο της κλιματικής αλλαγής.
Καθοριστική σημασία για τη στήριξη των επενδύσεων έχει τόσο η διατήρηση όσο και η δημιουργία θέσεων εργασίας, συμβάλλοντας στην κοινωνική σταθερότητα και στην οικονομική ανάπτυξη τόσο σε τοπικό όσο και σε εθνικό επίπεδο καθώς και η προστασία της ανθρώπινης υγείας. Προτεραιότητα, στην περίπτωση επιχορήγησης δίνεται, μεταξύ των άλλων, σε επιχειρήσεις μεταποίησης και τυποποίησης γεωργικών προϊόντων με σήμανση (Εθνικά και Ενωσιακά Πρότυπα) καθώς και σε επιχειρήσεις που μετέχουν σε σχήματα συμβολαιακής γεωργίας.